实验室研究
O26∶H11及NM大肠埃希菌CRISPR的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系
中华流行病学杂志, 2017,38(07) : 944-949. DOI: 10.3760/cma.j.issn.0254-6450.2017.07.019
摘要
目的

探讨O26∶H11及NM血清型大肠埃希菌中成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系。

方法

135株O26∶H11及NM血清型大肠埃希菌从NCBI数据库获取,利用CRT软件及CRISPR Finder提取CRISPR信息,并用Excel软件对间隔序列进行编号及分析CRISPR亚型,并分析CRISPR与stx噬菌体之间的关系。

结果

135株O26∶H11及NM血清型大肠埃希菌中均存在CRISPR结构,CRISPR1包括19个亚型,CRISPR 2.1包括22个亚型,CRISPR2.2包括1个亚型,CRISPR3-4包括1个亚型。stx噬菌体在CRISPR群组C中出现,stx+菌株比stx-菌株拥有更多的间隔序列。

结论

CRISPR位点在O26∶H11或NM血清型大肠埃希菌中广泛存在,且存在着不同的亚型,stx噬菌体与CRISPR的分子分布特征有关,可能作为鉴定高毒菌株的分子靶标。

引用本文: 龙金照, 徐亚珂, 段广才, 等.  O26∶H11及NM大肠埃希菌CRISPR的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系 [J]. 中华流行病学杂志,2017,38( 07 ): 944-949. DOI: 10.3760/cma.j.issn.0254-6450.2017.07.019
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成簇规律间隔短回文重复序列(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat,CRISPR)是一类在原核生物中发现的能够抵御外来遗传物质入侵的一种特殊结构,由正向重复序列(Direct Repeats,DR)和插入其中的间隔序列(Spacer)构成[1]。间隔序列作为核心元件,具有高度多态性,可反映外来遗传物质的入侵过程,这种特征使其成为监测新发高毒高致病性病原菌的有效分子靶标[2]。O26∶H11或NM血清型是产志贺毒素大肠埃希菌中一种非常重要的血清型,可引起水样腹泻、溶血性尿毒症、出血型结肠炎等疾病[3]。河南省于2005年从1名腹泻患者中分离到1株不产志贺毒素但产超广谱β内酰胺酶的O26血清型大肠埃希菌[4]。本研究对O26∶H11或NM血清型大肠埃希菌中CRISPR的分子分布进行分析。

 
 
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成簇规律间隔短回文重复序列
大肠埃希菌
stx噬菌体